日本基督教団原宿教会の起源は、ドイツ改革派教会の流れを汲むアメリカのキリスト同胞教会（The United Brethren in Christ)が1890年代に開始した日本伝道です。
この伝道活動の中で、1904年7月2日、当時の東京市千駄ヶ谷字原宿に日曜学校が開設されました。翌年の1905年には、日本基督同胞教会原宿教会（牧野典次牧師）が創立され、1911年には同胞教会本部の援助を受けて会堂と牧師館が献堂されました。また幼児教育を重視する同胞教会の伝統を引き継いで、1918年には原宿幼稚園が開設されました。

1925年

アメリカのキリスト同胞教会の援助から独立しました。

1932年

世田谷伝道所（現世田谷中原教会）を開設しました。

1941年

日本基督同胞教会は新たに設立された日本基督教団の第３部に編入され、日本基督教団原宿教会が成立しました。しかし1945年には、東京大空襲（5月25日）に遭い、教会堂、牧師館など全て焼失しました。

1948年

アメリカのノーブ氏夫妻からの令嬢記念献金によって礼拝堂を新築し、献堂式を挙行しました。その後礼拝堂に接続して、幼稚園園舎や牧師館を増築しました。

1998年

老朽化した幼稚園園舎と牧師館を撤去し、新園舎（牧師館を含む）を建設しました。

2005年9月

新会堂が完成しました。

2012年5月

日本基督教団原宿教会記念誌「100年の歩み」を発行しました。